Ban Quản lý khu kinh tế Phú Yên
Thanh tra tỉnh
Sở Y tế
Sở Xây dựng
Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch
Sở Tư pháp
Sở Tài nguyên và Môi trường
Sở Tài chính
Sở Thông tin và Truyền thông
Sở Nội vụ
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
Sở Lao động-Thương binh và Xã hội
Sở Kế hoạch và Đầu tư
Sở Khoa học và Công nghệ
Sở Giáo dục và Đào tạo
Sở Giao thông vận tải
Sở Công Thương
BQL Khu Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao